磨憨站位于云南省磨憨經濟開發區尚勇鎮東側,距鎮中心約1公里。車站為線側下式站房,總建筑面積為15768平方米,最高聚集人數為600人,站房主體一層,兩側二層,局部地下一層。旅客乘降站臺2座、到發線3條,目前進站口分為國內出發、國際出發,出站口分為國內到達、國際到達。采用驗檢分開的進站檢票模式。設國內候車區、國際候車區、商務候車室、行政貴賓室、母嬰候車室及重點旅客候車區。
磨憨站設計理念以“泛亞新口岸,山水映磨憨”為主題,建筑整體構圖采用三段式,多層坡屋頂構成立面墻體,站房中心披檐屋頂由中心向兩側延伸如展開的雙臂,形象古樸而又不失動感。設計源自當地傳統建筑,寓意以承古創新的精神和開放通達的姿態成為城市的新形象。